Универзитетската соработка е многу важен сегмент за развојот и зајакнувањето на билателарните односи помеѓу Франција и Северна Македонија.
Воспоставени се повеќе билатерални и мултилатерални соработки со француските високо образовни институции :
- Универзитетот Каен Нормандија и Универзитетот во Поатје со универзитетот „Св. Кирил и Методиј“ во Скопје
- Универзитетот Клод Бернар Лион 1 со Институтот за земјотресно инженерство и инженерска сеизмологија (ИЗИИС) при Универзитетот “Св. Кирил и Методиј” – Скопје
- Угостителското средно училиште Жесе де Форес од Авен сир Елп, со Факултетот за туризам во Охрид
- Универзитетот во Ница Софија Антиполис, со универзитетот „Св. Климент Охридски“ од Битола
- Универзитетот „Гоце Делчев“ во Штип има потпишано договори со повеќе француски универзитети во рамките на програмата Еразмус+
