Bashkëpunimi universitar është një faktor vendimtar për zhvillimin dhe forcimin e marrëdhënieve në këtë fushë midis Francës dhe Maqedonisë së Veriut.
Disa bashkëpunime janë krijuar me institucione franceze të arsimit të lartë, në mënyrë dypalëshe dhe shumëpalëshe:
– Universiteti i Caen-it dhe Universiteti i Poitiers-it me Universitetin “Shën Kirili dhe Metodi” të Shkupit
– Universiteti Lyon 1 me Institutin e Sizmologjisë – Universiteti ” Shën Kirili dhe Metodi”në Shkup
– Shkolla profesionale Jesse Forest Avesnes sur Helpe me Fakultetin e Turizmit në Ohër
– Universiteti i Nice Sofia Antipolis me Universitetin “Shën Klimenti I Ohrit” në Manastir
– Universiteti “Goce Delçev” i Shtipit ka nënshkruar marrëveshje me disa universitete franceze, si pjesë e programit Erasmus +
