La coopération universitaire est un point déterminant pour le développement et le renforcement des relations dans ce domaine entre la France et la Macédoine du Nord.
Plusieurs coopérations sont en place avec des établissements d’enseignement supérieur français en bilatéral et en multilatéral :
- L’Université de Caen Normandie et l’Université de Poitiers avec l’Université « Sts Cyrille et Méthode » de Skopje
- L’Université Claude Bernard Lyon 1 avec l’Institut de séismologie – Université « Sts. Cyrille et Méthode » de Skopje
- Le lycée professionnel d’hôtellerie Jessé de Forest d’Avesnes sur Helpe avec la Faculté de tourisme d’Ohrid
- L’Université de Nice Sophia Antipolis avec l’Université « Saint Clément d’Ohrid » de Bitola
- L’Université « Goce Delcev » de Shtip a signé des accords avec plusieurs universités françaises dans le cadre d’Erasmus+
